La orden franciscana fue una de las primeras en llegar a Chillán durante el período de la colonia, contribuyendo con la creación del Colegio de Naturales, donde estudió Bernardo O'Higgins. 
En 1835, tras la cuarta fundación de la ciudad, los franciscanos se trasladaron al nuevo Chillán y construyeron el convento, que sigue en pie. La Iglesia, iniciada en 1907, ha resistido los terremotos de 1939, 1960 y 2010.